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ミームの死骸を待ちながら

We are built as gene machines and cultured as meme machines, but we have the power to turn against our creators. We, alone on earth, can rebel against the tyranny of the selfish replicators. - Richard Dawkins "Selfish Gene"

We are built as gene machines and cultured as meme machines, but we have the power to turn against our creators.
We, alone on earth, can rebel against the tyranny of the selfish replicators.
- Richard Dawkins "Selfish Gene"

今週もバイトで東大行ってきたことなど。

DBCLS Life Bio (Informatics) bioinformatics


今日もまたDBCLSでお仕事してきた。先週のメモはこちら。


で、ちょうど就活で上京していたid:m_hさんと東大の学食で飯を食ってきた。よくネットで就活ネタを流してたから、気になっていたのです。色々話聞いて、シューカツ的に面白いネタ持ってるなぁ、とおもた。僕は就活強いわけじゃないのであまりアドバイスらしいこともできなかったのだが。


あと、声とか笑顔とか局所的に褒められて照れていた。これがリアルコミュニケーション上手というやつか...。しかし一番印象に残っているやりとりはこれだ。

m_h 「じゃあ最近幸せな感じですか?」
Hash「そうやねー、最近幸せやと思う」
m_h 「むかつくわー」


ええええごめんなさい(´Д`)



そんなこんなで、昼に余裕かましすぎて結構時間が押してしまい、動画の作成がバイト終了時刻をずれ込んでしまった。すみません。手順も覚えて無くて自分の記憶力のアレさが情けなかった。でもちゃんとうpまでこぎ着けました*1!コレです。


今回は、RCSB PDB基本的な使い方。ちゃっかり自分の研究テーマに関連したタンパク質を例として使ってやるという一石二鳥っぷり。

今DBCLSには立体構造系をやる人がいないようなので、僕がぽちぽち上げるだけでも助けになるそう。使い方を英語で読めといってしまえばそれまでだが、日本語のマニュアルがあることに価値がある。個人的に勉強になるし。


ちなみに日本向けでPDBjというインターフェイス(?)も提供されてるんだけど、そもそもPDBjのサービスは

  • エントリー情報の取得
  • キーワード検索
  • 詳細条件検索
  • 配列相同性検索
  • 立体構造相同性検索


この5つがメインで、英語版のRCSB PDBはもっと面白いサービスが色々ある。しかしまずは基本の使い方、というわけで

「RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる」

というテーマで作成した。次週はもっと掘り下げて

「RCSB PDBの提供サービスを使い倒す」

みたいなのをやりたいな。先週紹介した"Molecule of the Month"とか、それと並んで表示されてる"PSI Featured Molecule"を解説したい。気になって調べてみたがPSIって

PSI (Protein Structure Initiative)
The long-range goal of the PSI is to make the three-dimensional
atomic-level structures of most proteins easily obtainable from
knowledge of their corresponding DNA sequences.

about this site : SBKB


こんなものらしい。組織とかプロジェクトが複雑に絡み合って、全体像が把握できない。NPGとRCSBとNIHとSAAAと...うがー。このへん可視化できない?

*1:時間がなかったのでYoutubeへのうpはお任せてしまったけど。