RMSDを勉強。明後日は進捗発表

RMSDについて勉強した。

二乗平均平方根は統計値や確率変数の散らばり具合を表す数値である。RMS (Root Mean Square) や平均二乗偏差とも呼ばれる。もととなる値は正負の両方を取ってよく、変化する値の強度を統計的に表す目的で物理学や電気工学でよく用いられる。

名前が表すとおり、もとの値を2乗した上で相加平均し平方根をとったものである。一般化平均において指数パラメータを2としたものであるとも言える。

標準偏差と同じものであると誤解される事が多いため、注意が必要である。

二乗平均平方根 - Wikipedia

とくにバイオインフォマティクスの分野では、次のように用いられることが多い。

The root mean square deviation (RMSD) is the measure of the average distance between the backbones of superimposed proteins. In the study of globular protein conformations, one customarily measures the similarity in three-dimensional structure by the RMSD of the Cα atomic coordinates after optimal rigid body superposition.

Root-mean-square deviation of atomic positions - Wikipedia, the free encyclopedia

僕が使っているのもまさにこの用途で、MD計算を行った時の分子の安定性を、炭素骨格(Cα)が初期構造からどれだけズレるか(RMSDの大きさ)で測っている。

でも

安定しないんだこれが。論文とか読んでると初期構造から2Å(=10のマイナス10乗メートル)しかずれてないとか書いてたりするが、僕の計算結果は5Åくらいずれてる。
無視して進んでるけど（本当はだめ）。

明後日は

ゼミで研究進捗発表。未だに緊張します。資料作りが終わらん…明日は徹夜か。