BIRD研究成果発表会に行ってきたPart.1 - ミームの死骸を待ちながら

Institute for Bioinformatics Research & Development (BIRD)、またの名をバイオインフォマティクス推進センターの研究成果発表会に行ってきた。推進とか言いながら100人も来てなかったので勝手に自分が推進することにした。…とか言いながら所詮メモレベルの体たらく
発表された研究は、2001年の公募から2004の中間審査で7件→4件に絞られ、残った４件。５年間のほぼ集大成のようだ。独断と偏見で１行紹介すると

「絶対定量オーミックスからの知識発見」by Prof.伊藤隆司
- - 発現量も織り込んで遺伝子機能を推測、複眼的サポートツール開発！
「遺伝子破壊株イメージ・マイニング」by Prof.森下真一
- - 画像をコンピュタで解析、統計分析して遺伝子機能予測！
「ショウジョウバエ脳神経回路の徹底解析にもとづく感覚情報処理モデルの構築」by Assoc.Prof.伊藤啓
- - ハエの脳を3D可視化、感覚情報系の脳内処理を解析！
「ヒトゲノムにおける広義の遺伝子発見研究」by Assoc.Prof.矢田哲士
- - protein領域、pesudogeneやfunctionalRNAも効率よく発見するプログラム！

以下、聞きながら殴り書いたマインドマップを元に（主に自分用の）中途半端なままメモします。ザイガルニック効果だっけ

「絶対定量オーミックスからの知識発見」

相対と絶対

機能ゲノミクスが扱う分子情報は生物学的コンテクストによって変動し、相対定量（律速段階が規定できない）より絶対定量の方がいい。核酸の定量において基準を設定。

GATC-PCR

彼らの開発したGATC-PCR(ゲノム標準アダプター付加競合PCR)を使って配列サーチを行う。今やGATC-PCRはReal time PCR（フツー）, Real Conpetitve PCR（精度いいがオリゴよっけ必要）に比肩する性能。ゲノム中の遺伝子コピー数の計測にきわめて有効。
タンパク質はPCS-MSとかで分析。

TSS情報げとする

転写開始点(TSS)情報が少ないので、GATC-PCRを転写因子結合断片の定量に使えない！
→Vcap法を使って3600遺伝子のTSS情報げとした。世界最大規模。

ART（アート）シリーズ

ART/G3*1: 発現量を指針に、既存のデータの海から知識を整理して取り出し、遺伝子の機能を研究者にsuggestしてくれる。データとしてGO(the Gene Ontology), YPD(Yeast Proteome Database:これは有料化されてもた)など使った。
ART/EX: 発現量をパラメタとして取り込み、実験データ丸ごとほりこんで使える。絶対定量、複眼的にdata眺める。