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ミームの死骸を待ちながら

We are built as gene machines and cultured as meme machines, but we have the power to turn against our creators. We, alone on earth, can rebel against the tyranny of the selfish replicators. - Richard Dawkins "Selfish Gene"

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We, alone on earth, can rebel against the tyranny of the selfish replicators.
- Richard Dawkins "Selfish Gene"

Mac/Windows/Linux併用して研究する人は「JabRef+Dropbox」で論文管理するといい

BibDesk JabRef windows paper 知的生産


最近ありがたいことにiPhoneに引き続き、最新のMacbookをも懐を痛めることなく入手*1し、Windows, Macintosh併用して研究している。元々マカーだったりするので細かい所の操作やTerminalの使い心地はやはりMacに軍配が上がる。


そんなことしてるうちに論文管理の問題にぶつかったのだが、Javaで作られていてプラットフォームに依存しないJabRefと、最近流行のDropboxを合わせて使えば、論文データをひとつのDropboxフォルダに置きつつ各マシンから同期して使えることに気がついたのでその設定方法などを。設定し終わってしばらくしてから書いたので、あまりまとまってないかも。ツッコミ受けたら適宜追記します。


JabRefの導入


下記のサイトを見ればだいたいJabRefの使い方が分かる。

JabRefによるBibTeX文献管理とJab2HTML

上記サイトからは"Pref-Jab2HTML.xml"という設定ファイルも落とせたりして便利。Win, Mac, Linuxとも同じ操作感で使えて、データ同期もできるというのが嬉しい。
といいつつ僕はLinuxでまともに論文参照することがないので、たとえばこの記事なんかを参考にするといいと思う。


JabRefで管理するときは全ての論文情報がbibtex形式で入った.bibファイルを一つと、各データに紐付けされる論文のPDFファイルが必要になる。僕はPDFファイルも.bibも一つのフォルダに放り込んでいる。

ちなみに以前はiBook G4でBibDeskを使っていて、Windowsに移行する際にいろいろ検討した結果JabRefに行き着いて、BibDeskからJabRefにPDFデータを引き継がせた時の記録 が残っているので、他の管理ソフトを使ってる人は参考になるかも。


Dropboxで共有設定


JabRefを導入できたら、次はDropboxフォルダ上に論文PDFデータを置く。PDFの場所は、JabRefの

Preferences > External Programs > Main file directoryおよびMain PDF directory

から設定できるので、例えばWindowsなら

C:\Documents and Settings\ユーザー名\My Documents\My Dropbox\papers

Macなら

~/Dropbox/papers

などのフォルダを設定してやればいい。使うマシンすべてで同じフォルダを参照する。


論文PDFの名付け法則


JabRefでは、Bibtexの論文データにPDFを紐付けする時に自動でリネームしてフォルダに格納してくれる機能がある。このとき「Bibtex key+.pdf」という規則で付けられるのだが、このbibtex keyの付け方をいろいろと試行錯誤して、今は

1st Author+Year+(最初3wordsの頭文字)

としている。例えば

Title:"Setting up and running molecular dynamics simulations of membrane proteins"
著者 : Christian Kandt, Walter L. Ash, D. Peter Tieleman
年度 : 2007

だったら、PDF名は

kandt2007sua.pdf

となる。たいていユニークになるので、今はこれで落ち着いている。もちろんbibtex keyなので、TeX中で\cite{Bibtex Key}と入れてやれば参考文献に登録できる。


以上、


TeXも満足に使えないヘタレ修士がお送りしました。

*1:貸し出し?少なくとも持ち帰って普通に使っている