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ミームの死骸を待ちながら

We are built as gene machines and cultured as meme machines, but we have the power to turn against our creators. We, alone on earth, can rebel against the tyranny of the selfish replicators. - Richard Dawkins "Selfish Gene"

We are built as gene machines and cultured as meme machines, but we have the power to turn against our creators.
We, alone on earth, can rebel against the tyranny of the selfish replicators.
- Richard Dawkins "Selfish Gene"

現在の論文の管理とつきあい方まとめ

paper

僕は飽きっぽいので、悩んでいる時期は関連エントリの数が増える一方、解決or確立してしまうと触れなくなる。論文管理もその一つ。最近はMac OS XのアプリBibDeskを使って一元管理していて、これで決定かなと考えている。今までにもいくつか関連エントリ(と言うほど関連してない)を書いた(d:id:Hash:20070625, d:id:Hash:20070811, d:id:Hash:20071219)
BibDeskとは、Mac OS X用のオープンソースの文献管理ソフト。基本的BibTex形式を使うが、EndnoteとかRisフォーマットとかもインポートできる。まぁ正直Texがよくわからなくても使える。

BibDesk
Bibdesk: A free bibliography management application | MacResearch
Comparison of reference management software - Wikipedia, the free encyclopedia


フリーウェアの「BibDesk」。本来はBibTeX(TeX / LaTeXとともに使う文献目録作成ツール)に対応した文献管理ソフトウェアで、Web of Scienceなどの学術文献データベースから文献を探すなどの学術利用を前提にデザインされているが、PDF管理ツールとしても利用できる。

OS X ハッキング! (245) PDF編集ツールのオルタナ系を探して (2) | マイナビニュース


工学系でも活用できるソフトは無いものか。諦めずに探してみると,学術論文PDFの管理が可能で,概要,メモなどを整理でき,かつ日本語対応のソフトとして,最終的にはBibDeskっていうソフトに行きつきました。

404 Error - Not Found

論文とのつきあい方

論文の入手


Google Scholarで検索し、興味を引いた論文(選び方は以前書いた→d:id:Hash:20070620)をジャーナルのWebサイトからPDFをダウンロードし、同時に"Export Citation"/"Download Citation Manager"(ジャーナルによって違う)などのリンクからその文献のデータを落とす。

まずCitationデータをBibDeskにドラッグ&ドロップすると、その文献のリファレンスデータが作成される。次に落としたPDBファイルをそのデータ上にドロップすると、リンクが張られ、そしてここが重要なところだが、自動的にファイル名が変更されて、特定のフォルダにストックされる。僕の場合はファイル名が論文タイトルに変更されが、First author名のフォルダにストックされるようになっている*1

BibDeskはKeywordで文献を管理できる。感覚的にははてブのタグのような感じだと思っていい。特に読みたい論文には"@must-read"とかタグを付けておく*2


読み方


元々文字を読むことが好きなので、深く読もうとする悪い癖がある。一見しただけで「ああなるほど」とわかってしまう教授・助教レベルに達するには、時間制限をつけてざっと俯瞰する訓練が必要だ。

  1. タイトルを見て、Abstractをみる。
    • 取り扱ったテーマの課題は何で、
    • この論文は何が新しいのか
  2. Figureをながめる。
    • 著者は何を言おうとしているのか大まかにつかむ
  3. 文中で"Figure""Table"と出ている部分にマーカーで色を付ける
    • その前後を読む
  4. Conclusionをよむ
    • 「何ができた」と言っているか。
    • 将来の展望をどう語っているか
  5. もう一度Abstractを読む
読んだ論文
  1. BibDeskの"Read"にチェック。
  2. 出版年度で並べてファイリング(改良の余地あり)
  3. 論文ノートとして使ってるキャンパスノートに、1報1ページで内容をまとめる。
    • 教授の口癖「一言で言うとなんや!」を意識
    • まとめに際し、研究室のコピー機で小さめに印刷して、FigureとかTitleをはりつける*3
    • 感想も含める
  4. 発表時に文献紹介として扱う場合

まとめ的な。


かなり偏っている方法だし、もう少し単純化できそうな気もする。でも今のところ、慣れたせいもあってこの方針が気に入っている。

id:mfurubayashiさんの


ヘタに管理ソフト使わない方がいい気がしてきました。

trash

という意見もわかる*4。結局PC黎明期から生きているのは.txt形式で、文字列による管理が単純かつ究極なんだろう。

*1:しかしこれではフォルダが莫大な数になるので、発行年度でフォルダにまとめるなど、もっと良い選択肢もある気がする

*2:alphabeticalにタグが並べられるので、記号を付けると上に来る

*3:地球に優しくはない

*4:というかこのエントリを見て「よし自分のスタンスをまとめよう」、と思い立ったわけですが