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ミームの死骸を待ちながら

We are built as gene machines and cultured as meme machines, but we have the power to turn against our creators. We, alone on earth, can rebel against the tyranny of the selfish replicators. - Richard Dawkins "Selfish Gene"

We are built as gene machines and cultured as meme machines, but we have the power to turn against our creators.
We, alone on earth, can rebel against the tyranny of the selfish replicators.
- Richard Dawkins "Selfish Gene"

研究の先を読む。


僕の研究はWet系とDry系を並列して再現性を取るというなかなかハードだが面白いテーマ*1だ。
具体的には

Wet
水晶の振動を利用した微量天秤で、分子の相互作用をリアルタイムに追跡する
Dry
原子単位で分子をシミュレートできる"Molecular Dynamics*2"を用いて、分子の相互作用を物理法則から計算・予測してやる

大きな事を言えば、トップダウン+ボトムアップを一人でやっているようなものだ。その分、対象となる系は簡単かつうちの研究室で使い古されてきたタイプではあるが。


身体で覚えるのが苦手


元々ギーク気質なのでDryの方はなんとか大丈夫(簡単なRubyプログラムを書いて並列計算を走らせている)。しかし実験、つまりWetの方がどうにも苦手。

僕は人に比べて覚えが遅く、何度も失敗して繰り返さないと身につかない。研究とは名ばかりでほとんど肉体労働なバイオ研究にもそれはあてはまり、液クロで分収フラクションを間違えたり、サンプルを移す時にぶちまけたり、ペプチド発現条件を先輩の手法と変えてみたら失敗したり。

まぁ失敗してうだうだ悩むより、とっとと見切りを付けてやりなおした方が速いし頭(と身体)に残る、とここ1ヶ月で気がついた。そんなわけで、卒研に使うペプチドもこれで3回目の作成になる。
さすがに3回目ともなると覚えていて、今日は作業が異様に速かった。
菌体の解凍
→超音波で菌をぶちこわす
→遠心で菌体クズを取り除く
→His-tagを利用したカラム精製
→YUH(特定の場所でアミノ酸配列を切る酵素)によるペプチドの切り出し
→疎水性カラムによる粗精製
→凍結乾燥
まで、約12時間。前回まで2日がかりだったのに大きな進歩だ。一番効いたと思う心がけは、

  • 待ち時間を把握して先へ先へと準備を進めておく

また、待ち時間を有効利用するのと同時に、

  • 短くて済む作業は最短化する*3

この2つに尽きるな。

*1:と確信してる。先生はDry系の重要性をあまりわかってくれてない気がするが。

*2:「MD計算」

*3:酵素反応は一晩もいらない。6時間でいい」など