読者です 読者をやめる 読者になる 読者になる

ミームの死骸を待ちながら

We are built as gene machines and cultured as meme machines, but we have the power to turn against our creators. We, alone on earth, can rebel against the tyranny of the selfish replicators. - Richard Dawkins "Selfish Gene"

We are built as gene machines and cultured as meme machines, but we have the power to turn against our creators.
We, alone on earth, can rebel against the tyranny of the selfish replicators.
- Richard Dawkins "Selfish Gene"

初心者がWord代わりにTeXを使うための最低限の設定などをまとめる

「必要性がないけど、ちょっと便利かも」というレベルのものを導入する際の最大の関心事は「今出来ることが新しい環境でも出来るかどうか」で、 もっと細かく言うと「新しいメリット」だけでは人を動かすには十分ではなく、「現状のメリットの保証」も必要で…

Rubyの配列でごにょごにょするときzipとinjectとevalが便利すぎる件

先日「ブログ書きが不調」と書いたが、言語のアウトプットが不調なときは、それ以外のことをするに限る...たとえば黙々とプログラムを書く、音楽に浸る、身体を酷使する、などだ。というわけで月曜日、天気は晴れなかったものの、研究のデータ処理に使うRuby…

卒研発表を経験して気づいた、研究姿勢・プレゼン・質疑応答のコツまとめ

おそらく全国的に見てもかなり遅い方だろうが、先週卒業研究の発表が終わりました。原稿を練りながら、発表練習をやりながら、他人の発表を聞きながら発見した法則などをまとめた。どう見ても 4年生の卒研発表を見学してきて感じたこと - yuyarinの日記 を…

大腸菌Aの証言

lab

,. -‐'''''""¨¨¨ヽ (.___,,,... -ァァフ| あ…ありのまま 今 起こった事を話すぜ! |i i| }! }} //| |l、{ j} /,,ィ//| 『おれは培地の中で増えていたと i|:!ヾ、_ノ/ u {:}//ヘ 思ったらいつのまにかプラスミドだけ引き抜かれてた』 |リ u' } ,ノ _,!V,ハ | /´f…

いよいよ遺伝子いじくりまわすためにプライマーを注文した

スパコンでシミュレートした生体分子の挙動を実際に測定して確かめるべく、遺伝子を組み換え、人工ペプチドを作ります。その遺伝子組み換えに必要なプライマーを注文した。間に合うのか、卒論。 実は今までシミュレーションに傾倒してBashとかRubyで楽しみな…

今日はなかなか実験のシメがうまかった

やはり、夜のデータ整理とブログ更新*1に1-2時間かけることを想定し、早めに実験を切り上げるべきだ。これで早く帰って軽くジョギングして風呂入って寝て早く起きて早く行く、と。完璧だな。そんな思い通りに言った日は未だかつてありませんが。 早朝、と言…

生命系の学位を取った先輩方の講演を聞いて思ったこと

うちの学科がなにやらでかい研究プロジェクト*1を当てたらしく、向こう5年は資金が潤沢にもらえる、という。その一貫で博士課程を修了した先輩を招いて講演してもらうというイベントがあった。教授・准教授・企業研究者・現役ポスドク in USA、一昨年学位を…

今日のToDo

Lab

HPLCフラクション凍結乾燥 MPC発注(理科研) 変異導入用のDNA発注(急がない/下記の平均構造を確認してから) 平均構造の視覚化(VMD) K2-K2(前回のK-Kに同じ。ntt=1or3と比較/今回はすべてLangevin dynamics法) E2-E2(検討会と比較) Q2-Q2 / E2-Q2 / K2-Q2 S2-S…

脳を拡張する

lab

研究室的に歴史あるテーマを新しい道具で扱っていると、世代の流れというものを感じてなんとなく敬虔な気持ちになることがある。仕事を引き継ぎ、先輩が苦労して確立した系を再評価し、発展させる。巨人の肩の上に立つ。これが脈々と受け継がれていくのを何…

研究の先を読む。

lab

僕の研究はWet系とDry系を並列して再現性を取るというなかなかハードだが面白いテーマ*1だ。 具体的には Wet 水晶の振動を利用した微量天秤で、分子の相互作用をリアルタイムに追跡する Dry 原子単位で分子をシミュレートできる"Molecular Dynamics*2"を用い…

プログラムミスで貴重な時間というリソースを無駄にした

寒くて手が動かない… スパコンで計算かけるとき、キューを指定することができる。計算の実行には長々とコマンドを書かねばならないので、適当にRubyでスクリプトを書いて、引数で「2」をとれば、空いてるキューに計算が投げられる設定にした(つもりだった…

研究進捗発表をした。先輩の研究の総括者となれ

lab

最近毎日ブログ更新を心がけていた。 毎日何かを書くことで頭の整理というか発信癖が出来てきた ちょこちょこスターやブクマをもらえてうれしい 思っていたより自己成長になりそうな気配がしてきた。 ただの雑メモなら誰でも出来るので、すばやく構成する力…

RMSDを勉強。明後日は進捗発表

RMSDについて勉強した。 二乗平均平方根は統計値や確率変数の散らばり具合を表す数値である。RMS (Root Mean Square) や平均二乗偏差とも呼ばれる。もととなる値は正負の両方を取ってよく、変化する値の強度を統計的に表す目的で物理学や電気工学でよく用い…

論文博士について

7年くらい前にうちの研究室を修士で出た先輩が、論文博士を取るという。その講演会があった。20数年の歴史を持つ研究室なのに、論文博士は初めてだとか。全体から見て珍しいのだろうか。 論文博士という制度自体は博士号とる?とらない?徹底大検証!―あなたが…

自宅から大学スパコンへのログインができた

lab

問題と対策→d:id:Hash:20071118 解決。ただログインするドメイン名を少し変えればいいだけだったorz

深夜の大学。そして休日を計画的にしようと思う

深夜。助教も先輩も誰もいない、静まりかえった休日の研究室に足を運ぶ。行く手を阻む数々のロックキーをテンポよく解除していくその行為が、不思議と気分を高揚させる。 最小限の照明を点し、昨日洗ったばかりの白衣を着、手袋を装着する。見上げるほど大き…

学会で発表することになった

Lab

来年春に。発表は苦手だ。他人の前で話すことは子供の頃からいまいち好きになれない。人前で話すどころかライブをやったり演説したりする友人たちは雲の上の人だった。 僕は未だに、月1回の研究進捗発表でもめっちゃ緊張する。それなのに、大勢を前に自分の…

今日の研究記録

Rubyをいろいろいじって勉強。深いなRubyは。多分非常に初歩的なことなのだが、気づいたことをメモ的に書く。明日は計算系のRMSDがなぜか不安定な根拠を探ろう。 Rubyからシェルコマンド %x{}で囲めばいい。バッククオートでもいける(backticksという)が、バ…

wikiで研究マニュアル

Lab

僕の研究テーマ「分子動力学計算」を今研究室でやっているのは僕一人。ゆえに、後輩のためにきちんとしたマニュアルを書かなくてはならない。そのツールとして、数週間前からWikiを使ってみてる。なかなか書く暇がない*1のだが、いちおう置いておきますね つ…

マルチファイル検索

lab

Jedit Xのマルチファイル検索がかなり便利。unixコマンドのgrepに相当するのかな。秀丸にも同じ機能があると聞いたことがある。 研究テーマ的にPC操作が多いので、自然とメモを取るのもPCのテキスト形式が多くなる。メモを一カ所にあつめておいて「いつか忘…

PDBファイルに変異を入れるプログラム(Ruby)。

研究室でちょっとしたプログラムを使う必要が出た。ので作った。PDBファイルの特定の残基名を書き換えた後、AMBERパッケージを使って適切な構造に直して、分子動力学計算(MD計算)を行う。このPDBファイルの書き換えを自動でやってくれるプログラム(PDBも所…

最近論文を読んでいて気になる人がいる。

その名は、Barry H. Honig氏。コロンビア大学のDepartment of Biochemistry and Molecular Biophysicsに所属。サイエンスやネイチャーにバシバシ論文出してて、しかも生体分子計算系の論文には必ず引用される大御所的存在らしい。20年前のDelphiプログラム(…

来週の月曜から好奇心を封印することに決めた。

より正確に言えば、 興味の赴くままに読書することを半年間やめる。読みたい本が増えたら、リストに加えるだけで我慢する。 アウトプットに結びつかない、自己満足だけの知識の蓄積をやめる。 惰性で続けている、非現実的な「好き」を忘れる。 そしてその時…

グリッド計算を実行してエラー出る

n1ge -fore -mpi 16 sander -i min.in -o min.out -p prmtop -c inpcrd -r min.rst を実行。一回失敗するとかしてmin.outがすでにあると error on open: min.out といわれる。ので消しとく。 error Warning: No xauth data; using fake authentication data …

こんなエラー → No xauth data; using fake authentication data for X11 forwarding.

Lab

sshで大学のスパコンにログインして計算しようとしたところ、タイトルのようなエラーが出た。いろいろ調べたら2つの解決法を発見どうやら /etc/ssg/ssh(d)_config内の ForwardX11 あるいは X11Forwarding というパラメータをいじればいいらしいのだが Yesに…

研究室でRubyが役立つときそのいち

rtfファイルでゼミ資料を書いている時、 「図2-3」 をキャプションと本文からすべて検索して 「図2-4」 にしたい。以降の図2-4、図2-5もどうように置き換えたい。 JeditXでは正規表現の検索はできるが、それを保存して数値に変換してプラス1,という処理は…

論文管理へのソルーション

BibDesk。これは来たかもしれない。BibDesk Sonomama! x2 blog Macで科学技術文献管理 その1 BibDeskを使ってみる

論文探索がおもしろすぎる

Lab

今月末に文献紹介をやるとのことで、NatureやPNAS、JACS、SCIENCEあたりからおもしろそうなのをピックアップしている。元々大量の情報の質を見分け、パターンを把握し、エッセンスを抽出する作業が好きなのでこの探索は非常におもしろい。流れとしては、 タ…

形質転換

Lab

* この4月から配属になった研究室は、色々なことが学べて良い。あちらで有機化合物を合成してるかと思えばこちらで遺伝子切り貼りしてる。 今僕がやっている実験は、組換えた遺伝子を大腸菌に入れて(形質転換)増やし、翻訳開始因子タンパク質を発現させる…