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ミームの死骸を待ちながら

We are built as gene machines and cultured as meme machines, but we have the power to turn against our creators. We, alone on earth, can rebel against the tyranny of the selfish replicators. - Richard Dawkins "Selfish Gene"

We are built as gene machines and cultured as meme machines, but we have the power to turn against our creators.
We, alone on earth, can rebel against the tyranny of the selfish replicators.
- Richard Dawkins "Selfish Gene"

Bio (Informatics)

バイオインフォ(略)技術者試験に不本意な成績で合格

したっぽい. Japanese Society for Bioinformatics - JSBi :: バイオインフォマティクス技術者認定試験 昨年11月に試験で12月には合格わかってたんだけど, 成績がようやく今月に入って届く. 誕生日記載する必要なくね? 答え合わせして900(1000点満点)は超…

サリンが神経の働きを阻害する仕組みを化学反応と立体構造から見る

今週もバイトで東大行ってきたことなど。

今日もまたDBCLSでお仕事してきた。先週のメモはこちら。 で、ちょうど就活で上京していたid:m_hさんと東大の学食で飯を食ってきた。よくネットで就活ネタを流してたから、気になっていたのです。色々話聞いて、シューカツ的に面白いネタ持ってるなぁ、とお…

PDBの「今月の分子」がおもしろい件など

昨日は、ライフサイエンス統合データベースプロジェクト-統合ホームページ-LSDBでお仕事してきた。そこで学んだことなどをメモ。というか,ぐだーっと書く。とくにおもしろいなと思ったのが、PDBのMolecule of the Month。 Molecule of the Month

ライフサイエンス統合DBプロジェクトの中に乗り込んできた

ライフサイエンス統合データベースプロジェクト-統合ホームページ-LSDB

21世紀CEOプログラム「言語から読む生命」シンポジウムに行ってきた

「言語から読む生命」というCOE拠点があり、東大でその公開シンポジウムが行われたので参加してきた。3年生の時もこのシンポジウムに参加し、一緒に行った友人との会話がきっかけでECナビのインターンに参加したことは記憶に古い。あれ以降僕の視点にカンピ…

PDBファイルに変異を入れるプログラム(Ruby)。

研究室でちょっとしたプログラムを使う必要が出た。ので作った。PDBファイルの特定の残基名を書き換えた後、AMBERパッケージを使って適切な構造に直して、分子動力学計算(MD計算)を行う。このPDBファイルの書き換えを自動でやってくれるプログラム(PDBも所…

iTunes U -ユビキタスな知識-

スパコンにかりかり計算させていたら、途中で強制終了した。本日、進度ゼロorz テンション下がってふてくされてiTunes Storeを見てたら、iTunes Uというものを知った。Apple - Education - iTunes UiTunes上の大学(University)らしい。様々な大学の提供するl…

Google Spreadsheetsで研究ツールをまとめる

バイオに限ったことではないが、規格・道具が多すぎるとややこしくて非常に困る。色々なツール(しかもすべて略語)が出てきてどうしようもない。 そこで少し前から、論文を読んでいて出合った、分子動力学計算(MD計算)に関するプログラム・メソッド・モジ…

最近論文を読んでいて気になる人がいる。

その名は、Barry H. Honig氏。コロンビア大学のDepartment of Biochemistry and Molecular Biophysicsに所属。サイエンスやネイチャーにバシバシ論文出してて、しかも生体分子計算系の論文には必ず引用される大御所的存在らしい。20年前のDelphiプログラム(…

biorubyがインスコできない

suの後のパスワードが通らない。なぜだ

コンピュータ分析との絡みで調べてみたいこと

バイオインフォマティクスのメーリスで話題になってて気になった。 イオンチャネル 神経変性疾患 βアミロイドも解析が進んでいるとか。 免疫系 自己免疫疾患のブロックペプチドとか… リボソーム RNAワールドに光が?

レポート晒し-薬剤の開発とリスク回避

いままで、提出→フィードバックを見ないで逃避、してきたレポートという名の恥を晒してみる。紙面埋めるためにいつも適当に書くのだがどうも気持ち悪い。うちの大学はレポートの書き方の授業がない。誰かに突っ込まれるかもしれないことを期待して。 (たどり…

BIRD研究成果発表会に行ってきたPart.3

いままでのやつ d:id:Hash:20061102 Part.1「絶対定量オーミックスからの知識発見」 d:id:Hash:20061104 Part.2「遺伝子破壊株イメージ・マイニング」 「ショウジョウバエ脳神経回路の徹底解析にもとづく感覚情報処理モデルの構築」 by 東京大学分子細胞生物…

BIRD研究成果発表会に行ってきたPart.2

Part.1「絶対定量オーミックスからの知識発見」は d:id:Hash:20061102 に書いています。次は、東大の新領域創成科学研究科、森下教授の発表メモです。 「遺伝子破壊株イメージ・マイニング」 手法 形態の変化、すなわち表現型から遺伝子の異常を見つけ出すプ…

BIRD研究成果発表会に行ってきたPart.1

Institute for Bioinformatics Research & Development (BIRD)、またの名をバイオインフォマティクス推進センターの研究成果発表会に行ってきた。推進とか言いながら100人も来てなかったので勝手に自分が推進することにした。…とか言いながら所詮メモレベル…